剧情解析~
搬运……作者为游民星空Shadowling
首先，本作的三主角，B2，S9和A2都是属于寄叶计划的成员，我们就从寄叶计划开始说起，然后展开。
Android的核心指令，或者说存在的根本，就是“保护人类”，但人类与AD 4196便全部灭绝了，这导致了Android失去了存在的意义，导致士气大跌。为防止这种情况，寄叶计划应运而生，利用月面服务器人类留下的数据，在月面建造了一个通讯服务器，被固定发送信息，这便是伪造的“人类议会（council of human）”。同时寄叶部队建立，为早已不存在的人类，进行虚假的，无尽的夺回地球的计划（已经14次了）。以上这些信息太空堡垒（bunker）的指挥官（commander）是寄叶成员中唯一知情的。但最高级别的机密（司令官也不知情）是，寄叶部队存在的初步目的是为了创造人类还存在在月球的假象，另一核心目的是为了下一代android提供战斗数据，待到数据提供完成，太空堡垒的后门就会被打开，让机械生命体攻击，以彻底消除寄叶计划存在的一切，数据，成员等等。说白了，寄叶部队就是群小白鼠，甚至连白鼠都不如。一切开始于谎言，终结于虚无。而我们的三位主人公B2，S9和A2，就是这计划的一部分。
寄叶YoRha部队到底是什么样的存在？是android吗？我觉得不是。他们的核心和android不同，他们的核心–黑盒(black box)–实际上是机械生命体的核心改造而来，创造寄叶部队的android，或许从始至终都没把寄叶部队的成员当成同类，不过就是工具和白鼠罢了。官方文档【黑盒】中有一句话“Said black boxes were installed after determining that is would be inhumane to install standard AI in androids that are ultimately destined for disposal”，这段非常难翻译，有点只能意会的意思，我给翻译是“黑盒的安装是考虑到把常规AI安装至注定被废弃的Android上是不人道的”。没错，把AI装到注定被毁灭的Android身上是不人道的，于是Android就创造了YoRha寄叶部队，表面是android核心却是机械生命体的“不人不鬼”的东西来承担着这注定被毁灭的命运。而我们的三位主人公B2，S9和A2，就是这部队的一员。
这里值得一提的是，官方文档【黑盒】中提到“根据记录，黑盒的存在有使寄叶成员转变为敌机的风险”，所以，寄叶部队内部有一支专门清理处决叛徒和危险者的队伍，也就是Type E，此处我没找到官方的注释，姑且认为E是execute（处决）的首字母（此处找到在支线Amnesia中找到官方注解了，Type E， E for Execution）。咱们的2B小姐姐，就是其中的一员，2B不过是伪装，2E才是咱们小姐姐的真名。这也是为什么2B在背叛者支线中能毫不犹豫面不改色的清除8B， 22B和64B的原因。再说说，S9，Type S，Scanner。大家都知道，咱们的S9小正太那真的是黑天黑地黑空气，自然，也能黑自家的服务器。S9可以说是寄叶计划最大的风险，他可以黑进服务器已知晓所有秘密，包括人类已灭绝，YorRha部队存在的真实目的等等的信息，一旦他得知了这些信息，他就要被处决，而处决他的，自然就是咱们的2B小姐姐了。可以推测，在序章2B和9S在工厂相遇，并不是他们的第一次相遇，2B在此之前应该已经处决9S很多次了，而9S每次被处决后都会失去记忆与存档，包括所有的真相和对2B的记忆。这个在2B和9S第一次在bunker相见时2B握紧的拳头，AB结局中2B抱着9S说的“每次都是这样”和三周目最后2A和9S的对话中都能得到佐证。但在游戏中，2B小姐姐和9S小正太的情感发展可谓到了一个新的境界，估计再让2B，或者说2E去杀9S，是绝对不会再发生了。
说完了寄叶部队，再来说说敌对势力机械生命体。他们生为杀戮机器，被赋予的唯一命令就是“打败敌人”，刚开始，他们的敌人是“保护人类”的Android，之后再自我进化中认定自己的创造者外星人为“敌人”，然后“打败敌人”，毁灭了自己的创造者。然后他意识到，Android成为了他们唯一的敌人，而为了维持“打败敌人”这以核心指令的根本，就是得有“敌人”，于是机械生命体网络做了一个无比矛盾的决定：既要打败Android，又不能将他们彻底消灭。为了解决这一矛盾，机械生命体网络又开始了自我进化的过程，在收集到了月面服务器中人类的信息后，N2也就是红衣女孩应运而生。机械生命体制造了四塔（the tower），在三周目出现，分别为中枢，神（精神），灵魂（Soul）和肉体（meat），每个塔都具有了自我人格。这三者恰恰就是生命，乃至人类的三个组成部分，这里可否理解为，机械生命体已经彻底进化为了生命呢？四塔本来的目的是发射炮摧毁bunker以及月面人类服务器，但在内部却发生了矛盾，一派要执行原来的计划，另一派认为要保留YoRha和机械生命体（adam and eve）的存在，并因此展开互斗，也即是A2在chapter 17 – 06看到的最后一幕。最终C结局中A2破坏中枢塔，D结局则是发射了承载着YoRha和机械生命体火种的“方舟”，向遥远的无边的宇宙飞行。
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